Migrenin nedeni tam olarak bilinmemektedir. Migrenin beyin kan damarları ve elektriksel sinir uyarısını ileten kimyasal maddelerdeki değişikliklere bağlı olduğu düşünülmekte ve bu değişikliklerin sebebiyle ilgili araştırmalar halen sürmektedir. Migren gelişme eğiliminin kalıtımla geçip geçmediğini de henüz bilinmiyor.
Araştırmalar, eğer anne-babadan birinde migren varsa, çocukta da olma olasılığının %40 olduğunu gösteriyor. Eğer her ikisinde de migren varsa, çocukta da %75 olasılıkla migren görülecektir. Tek yumurta ikizlerinde çift yumurta ikizlerine göre migrene yatkınlık daha fazla görülmüştür.
Kadınların çoğunda adet kanamasından hemen önce östrojen hormonu miktarlarının azalması migren ağrısına yol açabilir. Migreni başlatıcı bir çok faktör olabilir. Bu faktörlere karşı duyarlı olan kişiler, bu faktörlerden (buraya tıklayarak bu faktörleri öğrenebilirsiniz.) uzak durarak migrenin getirdiği kısıtlamalardan büyük oranda kurtulabilirler.